El Secretariat del CNJC és l'òrgan que dirigeix la institució i està format per representants d'entitats dels diferents àmbits en què s'estructura el Consell (educatives, sindicals, polítiques, socials especialitzades, culturals i d'intercanvi i Consells Locals de Joventut. Els càrrecs solen ser de dos anys de durada i es renoven a les Assemblees Generals Ordinàries (AGO). Per evitar canvis bruscos, la durada dels càrrecs és intercalada, és a dir, la meitat del Secretariat es renova un any i l'altra meitat el següent.

La composició actual és la resultant de l'AGO celebrada el febrer de 2016.